使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树

BioEdit是一个功能很强大的生物学软件,整合了很多常用的生物信息工具。如:多序列比对,质粒图谱的绘制,查看DNA序列的酶切位点等等。

使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。(另请参考:进化树大杀器MEGA的使用

首先,打开序列。我们这里是一个含有6个蛋白质的Fasta格式的文件。如下所示:

然后从菜单中选择“ClustalW多序列比对”,会弹出下一个对话框,设置一些程序运行的参数。

我们这里采用了默认配置,直接点击“Run ClustalW”按钮。ClustalW程序会以命令行的形式运行,程序运行会在多序列比对完成之后,显示多序列比对的结果,并生成进化树。

“进化树”呢?别着急,进化树已经生成了。现在,我们关闭BioEdit软件。进化树已经在它该在的地方了,我们这就去把它挖出来。

我们来到了BioEdit的安装目录(通常是“C:\BioEdit”),这里有一个Temp临时文件夹,打开临时文件夹,里面就要我们要的东西了。

我这里有5个文件,你那里说不定会有别的临时文件。如果无法确定,不妨把这些文件都删除了,重头运行一遍,就这剩下这5个文件了。

正如文件名昭示的那样,第一个文件是一个log文件,第二个文件时程序运行的参数设置,第三个文件是多序列比对的结果,第四个文件时我们的蛋白质序列的一份拷贝,最后一个就是我们需要的进化树了。
这几个文件其实都是文本文件,可以用“记事本”之类的软件打开的。最后一个进化树用TreeView软件打开,就会得到这样的结果。

这是一棵什么树?叶子的标示都不对啊。不好意思,忘记告诉你了,这个dnd文件需要修改一下。将这些“0000000XX”的编号改成我们的序列名称“Seq1,Seq2”等等。用文本编辑器打开最前面和最后面的那个文件。按照log文件中的指示,把dnd文件中的编号改过来吧。

会变成这个样子。

这是你想要的结果吗?

我们还有一下几种展示方案,敬请选择。

好了,就这样结束了。如果觉得有问题,请留言吧。BioEdit的,进化树的都可以。

对了,忘记告诉你,如何安装Treeview这个软件了。BioEdit附带了这个软件,不过默认似乎没有安装,在BioEdit的安装目录,有安装包,自行安装一下吧。

注意:以上内容在WindowsXP中测试通过,Win7什么的,不能保证哦!

One Response to “使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树”

  1. […] 使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树  虽然方法简单、上手快,但是由于 BioEdit 功能有限,使用起来很不方便。如果经常进行类似分析,那还是要使用 MEGA 6 这一个系统进化分析的“大杀器”。 […]