如何检查BioPerl是否正确安装

为了检查BioPerl是否安装正确,我们可以使用perldoc命令来看一下。

如果你是Linux系统,随意打开一个终端;如果用的是Windows系统,那么打开命令提示符。输入以下命令:


perldoc Bio::SeqIO

以上命令的作用是查看Bio::SeqIO模块的文档是否存在,如果存在,则会有相应的文档输出,则你安装Bio::SeqIO模块;如果没有,说明Perl找不到该模块,你还没有安装Bio::SeqIO模块。

引物Bio::SeqIO是BioPerl的基础模块,所以,你懂的,其它的一些模块也可以的,比如Bio::Seq  Bio::SearchIO等等。

此外,对于Perl的其它模块是否正确安装,也可以用perldoc命令检查一下。比如Bio::Graphics模块,并不保护在BioPerl的“安装包”内,所以对于要使用Gbrowser的同学来讲,需要手动安装该模块。

 

新年到了,祝看到这篇文章的同学新年快乐。

Happy new year!

 

One Response to “如何检查BioPerl是否正确安装”

  1. […] Currently, I have developed such a converter that may extract information from a NCBI Genbank file and write them to GFF version 2, or GTF format. This script is derived from BioPerl, so you need firstly get the module installed in your system. To check whether BioPerl is ready, just refer to this post: bio-spring.info/check-bioperl/ . […]