让学生去做他们想做的事情zz

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这位老师胸怀宽广,是学习的榜样。

老师就是这样要有甘为人梯的境界,寄希望于学生,促成学生的发展,有要推进自己的事业,而不是全盘压在别人身上-这是为人的基本原则了。

荐:Ubuntu(linux),Windows和Android操作系统中的磁盘使用分析软件

使用分析软件分析磁盘应用,在整理硬盘的时候很有用,对各个文件夹所占用的空间可以做到一目了然。你所需要的,正是下面所列出的小程序。

Ubuntu:系统自带“磁盘使用分析程序“,第一次用这个软件,就会喜欢上它。
Windows: 推荐 RidNacs
Android:磁盘详情 DiskUsage

Ubuntu系统自带“磁盘使用分析程序“,图示清晰明了。

Windows 推荐 RidNacs
挺好用的一个小软件,就是图表有些看不懂。

Android:磁盘详情 DiskUsage
选择想查看的分区。

速度很快,马上出来相应的图表。

怎么办,ubuntu系统中的sda变成了sdb了?

使用UUID的方法挂载分区

打开电脑发现,系统中各个盘符都挂载到/media下面了,导致很多程序不能正常运行了。使用“sudo umount -a”命令全部卸载,然好再使用“sudo mount -a”,重新按照/etc/fstab中的设置挂载,结果出现错误。经过查看,发现硬盘的分区从sda变成了sdb了。原来的sda5现在变成了sdb5,而fstab中的设置中是将/dev/sda5挂载到/var/ftp怪不得挂载不上了。如下:

# /etc/fstab: static file system information.
#
# <file system> <mount point>   <type>  <options>       <dump>  <pass>
# /dev/sda7
/dev/sda7          /var/ftp               ext3      relatime           0             2

怎么办?
这么办。我们使用UUID来标示设备,这样就不会出现这种错误了(点击查看wiki百科)。

一组 UUID,系由一串 16 位组(亦称 16 字节,或 128 位)的16进位数字所构成,是故UUID理论上的总数为216 x 8=2128,约等于3.4 x 1038。也就是说若每奈秒产生1兆个UUID,要花100亿年才会将所有UUID用完。

输入命令,得到各设备的UUID。
[cc lang=”bash”]ls -l /dev/disk/by-uuid/[/cc]

根据得到的UUID,将fstab中的设置更改一下,上面的例子,改为:

# /etc/fstab: static file system information.
#
# <file system>                       <mount point>       <type>  <options>  <dump> <pass>
# /dev/sda7
UUID=d51b2056-6825-456c-957d-ebb16edd349d    /var/ftp      ext3       relatime     0   2

重新启动计算机,或者输入命令“sudo mount -a”,所有的设备就会正确挂载。

另外,为什么会出现这种错误呢,原来是因为我插了一个U盘在电脑上。这个忘记拔掉的U盘,占据了sda的标示,而它只有一个分区,所以在挂载的时候,所有的分区都不能得到正确挂载了(还好ROOT分区系统默认使用了UUID的方法挂载,要不然岂不是启动不了系统了吗)。

处理设计引物时候的PRIMER_ERROR=Missing SEQUENCE tag错误

Update:You May directly use our Massive RT-PCR Primer Designer from Jan 16, 2016.

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我先前曾经写过一个设计RT-PCR引物的脚本,当初运行良好,所以把它给分享了出来(在这里)。最近又用发现会有错误,“Missing SEQUENCE tag”,经过分析,最终解决了这个问题。

方法如下:

[cc lang=’bash’]sudo gedit /usr/local/share/perl/5.10.1/Bio/PrimerDesigner/primer3.pm[/cc]
将其中的SEQUENCE换成SEQUENCE_TEMPLATE即可。总共要换三四个位置。

造成这一错误的原因在于Primer3和Bio::PrimerDesigner的API不兼容。 前者使用“SEQUENCE_TEMPLATE”作为引物的模板,而后者确传递给primer3引物设计程序一个“SEQUENCE”参数,从而造成引物设计上的失败。

使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树

BioEdit是一个功能很强大的生物学软件,整合了很多常用的生物信息工具。如:多序列比对,质粒图谱的绘制,查看DNA序列的酶切位点等等。

使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。(另请参考:进化树大杀器MEGA的使用

首先,打开序列。我们这里是一个含有6个蛋白质的Fasta格式的文件。如下所示:

然后从菜单中选择“ClustalW多序列比对”,会弹出下一个对话框,设置一些程序运行的参数。

我们这里采用了默认配置,直接点击“Run ClustalW”按钮。ClustalW程序会以命令行的形式运行,程序运行会在多序列比对完成之后,显示多序列比对的结果,并生成进化树。

“进化树”呢?别着急,进化树已经生成了。现在,我们关闭BioEdit软件。进化树已经在它该在的地方了,我们这就去把它挖出来。

我们来到了BioEdit的安装目录(通常是“C:\BioEdit”),这里有一个Temp临时文件夹,打开临时文件夹,里面就要我们要的东西了。

我这里有5个文件,你那里说不定会有别的临时文件。如果无法确定,不妨把这些文件都删除了,重头运行一遍,就这剩下这5个文件了。

正如文件名昭示的那样,第一个文件是一个log文件,第二个文件时程序运行的参数设置,第三个文件是多序列比对的结果,第四个文件时我们的蛋白质序列的一份拷贝,最后一个就是我们需要的进化树了。
这几个文件其实都是文本文件,可以用“记事本”之类的软件打开的。最后一个进化树用TreeView软件打开,就会得到这样的结果。

这是一棵什么树?叶子的标示都不对啊。不好意思,忘记告诉你了,这个dnd文件需要修改一下。将这些“0000000XX”的编号改成我们的序列名称“Seq1,Seq2”等等。用文本编辑器打开最前面和最后面的那个文件。按照log文件中的指示,把dnd文件中的编号改过来吧。

会变成这个样子。

这是你想要的结果吗?

我们还有一下几种展示方案,敬请选择。

好了,就这样结束了。如果觉得有问题,请留言吧。BioEdit的,进化树的都可以。

对了,忘记告诉你,如何安装Treeview这个软件了。BioEdit附带了这个软件,不过默认似乎没有安装,在BioEdit的安装目录,有安装包,自行安装一下吧。

注意:以上内容在WindowsXP中测试通过,Win7什么的,不能保证哦!