关于GFF3格式

GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开。

依次是:

1. reference sequence:参照序列
指出注释的对象。如一个染色体,克隆或片段。可以有多个参照序列。

2. source :来源
注释的来源。如果未知,则用点(.)代替。

3. type :类型
属性的类型。建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology,参看[[Sequence Ontology Project]]) ,如gene,repeat_region,exon,CDS等。

4. start position :起点
属性对应片段的起点。从1开始计数。

5. end position :终点
属性对应片段的终点。一般比起点的数值要大。

6. score :得分
对于一些可以量化的属性,可以在此设置一个数值以表示程度的不同。如果为空,用点(.)代替。

7. strand :链
“+”表示正链,“-”表示负链,“.”表示不需要指定正负链。

8. phase :步进
对于编码蛋白质的CDS来说,本列指定下一个密码子开始的位置。可以是0,1或2,表示到达下一个密码子需要跳过的碱基个数。
对于其它属性,则用点(.)代替。

9. attributes :属性
一个包含众多属性的列表。格式为“标签=值”(tag=value)。不同属性之间以分号相隔。可以存在空格,不过若有“,=;”则用URL转义(URL escaping rule),同时TAB也需要转换为“%09”表示。
下列的标签已定义:

ID
指定一个唯一的标识。对属性分类是非常好用(例如查找一个转录单位中所以的外显子)。
Name
指定属性的名称。展示给用户的就是该属性。
Alias
名称的代称或其它。当存在其它名称时使用该属性。
Note
描述性的一些说明。
Alias和Note可以有多个值,不同值之间以逗号分隔。
如:Alias=M19211,gna-12,GAMMA-GLOBULIN

Other good stuff can go into the attributes field, as we shall see later.

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重新安装bioperl

此文适合一下情况:
更新BioPerl时,想彻底删除旧版程序,安装一个完整的全新BioPerl;
安装BioPerl后出错,需要从头安装。

重新安装时不会自动覆盖老板本,因此需要手动删除以下文件:
bioperl位于以下目录:
/usr/local/man/man3/Bio::*
/usr/local/bin/bp_*
/usr/local/man/man1/bp_*
/usr/local/share/perl/5.8.8/Bio/

然后再进行安装即可。

>perl Build.PL
>./Build test

>./Build install

If your system is Ubuntu, just type the following command in terminal:
sudo apt-get install bioperl

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Ubuntu 10.10环境下安装GScribble

GScibble是Linux下面的优秀的博客程序客户端,比Blogtk界面友好。可以读取Wordpress的分类信息,还可以编辑已发布的条目。
为了在我的Ubuntu 10.10环境下安装该程序,我还是处理了几个小问题,在这里Mark一下。

首先,安装过程中的问题。
安装文件可以从SF下载:http://sourceforge.net/projects/gscribble/
按照安装文件INSTALL的说明操作即可。
1. $ chmod +x setup.py
2. $ sudo ./setup.py install
我的系统缺少python-gtkhtml2的库,打开新立得软件包管理器,搜索之后安装,即可完成安装。

其次,Python的版本问题。
我原先的Python版本为2.5。安装之后启动程序不成功。于是我安装了Python2.6,并将默认的Python链接到Python2.6上。

现在,可以使用GScribble方便的发布更新了。

小提示:如果程序无法正常启动,可以在终端输入gscribble的方式试试,终端中的错误提示会对你有帮助的。

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向量和矩阵有什么区别

向量矩阵有什么区别

向量是矩阵的特殊类型,是只有一行或者一列的矩阵。这两种矩阵分别称为行矩阵(行向量)和列矩阵(列向量)。

另外,矩阵用阶数表示,比如2阶方阵;向量通常用维数表示,比如n维向量。

总之,向量的本质是矩阵,向量的计算全部参考矩阵计算的运算律。

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Bio-Rad iQ5 vs. Opticon Monitor

使用 Bio-Rad 两款RT-PCR产品的评价

最近做了两次RT-PCR实验,实验所用的仪器都是伯乐公司的产品,一个小型点的拥有48孔平板,一个大点的有标准的96孔平板。硬件方面操作不必多说,想不到软件居然也不一样。所以这里单独谈谈软件。这两款软件分别是 iQ5Opticon Monitor

iQ5 的反应缓慢 所用的文件格式很容易损坏 界面也不友好
Opticon Monitor响应较快 文件格式基于文本文件 界面较友好 但是自动确定的Ct阈值不准确

同一公司的软件,互补性很强,有点搞笑是不?

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