Zotero: 标签的使用技巧

一次将多个条目加入同一个标签中

选中多个条目,拖动到左侧标签列表中即可。

对标签使用颜色和快捷键

用鼠标右键单击任一标签,选择设置颜色,可以为标签设置一个颜色和快捷键。快捷键最多可以有6个,分别是数字1-6。设置之后,可以点击数字1-6将选中条目设为所用标签,非常方便。

适合制作PowerPoint报告时候使用的Zotero引文样式

我定制了一个Zotero样式,特别适合在PPT中使用。分享给大家。具体效果如下图所示。

在引用时,显示第一作者、期刊和出版年。在引文清单时,最多仅显示3个作者,多余3个将只显示第一作者。同时显示文章标题、期刊和卷、期等信息。
author-journal-year-1

把这个csl文件拖放到Firefox窗口中即可安装。

使用时,先选择一个或多个文献条目,然后点击右键,选择“由所选条目创建引文目录…”。

author-journal-year-2

在打开的窗口中选择author-journal-year引文样式,输出模式“引文”和“引文目录”可选,直接复制在剪贴板中,粘贴到PowerPoint中即可。
author-journal-year-3

点击下载 author-journal-year.csl Citation Style Language (CSL).

STAMP: unknown error – Unicode encode error

STAMP是一个支持Windows、Linux系统的微生物群落分析软件。与Mothur或QIIME相比,感觉它更小巧、轻便。它没有从测序结果(MiSeq/454)出发直到分析结果的一整套流程,但是它具有从OTU Table出发进行统计分析、作图的能力。借助于scipynumpymatplotlib等Python库的支持,它的分析、绘图能力达到了一个非常令人满意的程度。相应结果基本可以直接在文章中使用。

STAMP is a software package for analyzing taxonomic or metabolic profiles that promotes ‘best practices’ in choosing appropriate statistical techniques and reporting results. Statistical hypothesis tests for pairs of samples or groups of samples is support along with a wide range of exploratory plots. STAMP encourages the use of effect sizes and confidence intervals in assessing biological importance. A user friendly, graphical interface permits easy exploration of statistical results and generation of publication quality plots for inferring the biological relevance of features in a metagenomic profile. STAMP is open source, extensible via a plugin framework, and available for all major platforms.

它需要的数据有两个:Profile和metadata,分别由两个文件提供。profile是OTU table等核心数据的来源,metadata则包含样品的分组、属性等实验关键设计。

profile文件可以由biom等文件格式转换。

在转换过程中出现了下图所示的UnicodeEncodeError:‘ascii’ codec can’t encode character in position 25-31: ordinal not in range(128)错误。经查是由于文件路径带非ascii字符(中文)造成的。将文件放在全英文的路径中就可以解决这一问题了。

STAMP_unknown error

biom 格式

官方网址:biom-format.org/index.html
格式说明:biom-format.org/documentation/biom_format.html

biom 是The Biological Observation Matrix (BIOM) 的缩写。

概述

这个格式是微生物生态研究中衍生出的文件格式,扩展名建议是*.biom,由 www.biom-format.org 开发。

开发此文件格式的目的由以下三点:

  1. 存储和操作大规模的生物多样性数据
  2. 存储核心的元数据(metadata,如样品,分组等重要的相关信息,这些信息在分析时是必需的。)
  3. 统一专有文件格式,促进文件在不同分析工具间的流通。(QIIME,MG-RAST和VAMPS等分析工具都可以支持该文件格式)

版本

目前,biom格式已经有了3个版本。

版本1.0基于JSON格式开发。
版本2.0和2.1基于HDF格式开发。

HDF格式是专门为存储大规模、多对象的科学研究数据开发的。“Solutions to Data Challenges”。

开发工具

biom格式是纯文本文件,可以用文本编辑器打开(我指的不是Windows的记事本,而是专业一点的开发工具。如Notepad++)。

Python版工具

pip install numpy
pip install biom-format
pip install h5py

R版工具

install.packages("biom")

作图神器PowerPoint:三角瓶

PowerPoint其实是一个作图神器,加上一点技巧,加上一点耐心,可以作出高水平的科技图片。

PowerPoint 2010版本以后,隐藏了一个“强悍的形状工具”,使得我们可以通过烧脑想想,动手作出很多实用的形状来。打开方法在这里:百度经验

 

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如下图所示,便是绘制一个三角瓶的主要步骤。

 

 

 

很好很强大,是不是?