InbR, a TetR family regulator, binds with isoniazid and influences multidrug resistance in Mycobacterium bovis BCG

在Scientific Reports上面的一篇论文昨天(2015-9-10)上线了。我是第二作者,负责了ChIP-seq实验等少部分实验,全部的生物信息学分析,论文撰写、修订和投稿等事宜。该研究最初投稿的是核酸研究杂志,被拒稿后由我接手,转投Scientific Reports,前后耗费了2个多月终于接受。除了正文中,附件也有不少数据,特别是一个大Table。

www.nature.com/articles/srep13969
论文摘要如下:

Isoniazid (INH), an anti-tuberculosis (TB) drug, has been widely used for nearly 60 years. However, the pathway through which Mycobacterium tuberculosis responds INH remain largely unclear. In this study, we characterized a novel transcriptional factor, InbR, which is encoded by Rv0275c and belongs to the TetR family, that is directly responsive to INH. Disrupting inbR made mycobacteria more sensitive to INH, whereas overexpressing inbR decreased bacterial susceptibility to the drug. InbR could bind specifically to the upstream region of its own operon at two inverted repeats and act as an auto-repressor. Furthermore, InbR directly bind with INH, and the binding reduced InbR’s DNA-binding ability. Interestingly, susceptibilities were also changed by InbR for other anti-TB drugs, such as rifampin, implying that InbR may play a role in multi-drug resistance. Additionally, microarray analyses revealed a portion genes of the inbR regulon have similar expression patterns in inbR-overexpressing strain and INH-treated wild type strain, suggesting that these genes, for example iniBAC, may be responsible to the drug resistance of inbR-overexpressing strain. The regulation of these genes by InbR were further assessed by ChIP-seq assay. InbR may regulate multiple drug resistance of mycobacteria through the regulation of these genes.

在这篇论文中,我们发现了一个能够与INH结合的转录因子。该转录因子能够和INH结合,受INH的诱导,并能调控分枝杆菌的多重耐药性。这是一个很有意义的发现。

我们发现,转录因子对抗药性的影响与代谢酶类存在不同。如结核分枝杆菌中KatG, InhA, RpoB等酶突变可能会引起抗药性显著的、不可控的和不可逆转的变化,而转录因子则存在“商量”的余地。这可能是因为转录因子是以网络化结构发挥作用的。单个转录因子的突变的影响甚至可以通过调节适应下来。

转录因子与抗药性的关系,以及通过转录因子来设计新药治疗结核病,虽然尚在路上,但应当是一个很有意思的课题。

全文下载点这里

富士卡片机F60fd拆机图片

友情提示:依本文拆机相机未获修复的,不承担连带责任哦!

按:我的富士F60fd镜头落地摔歪了,所以才拆机。

打开外壳

去掉侧面板

去掉显示屏

去掉金属板

拆主板

主板有上下两块,之间由插槽接口连接,小心撬开主板,去掉排线,拿下主板。


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IMG_20150828_091104

 

这个是取下的主板。

取下镜头组件

 

摘下排线,取下镜头组件。

IMG_20150828_091706

 

这是镜头组件,含有镜头、快门、CCD等元件。

IMG_20150828_091746

 

打开镜头组件

揭下绝缘胶布,漏出盖板。然后取下盖板,漏出CCD等元件。

IMG_20150828_130501

 

这个的背面就是CCD。
IMG_20150828_130602

 

 

取下CCD之后,漏出透镜。
IMG_20150828_133926

 

需要使用电烙铁,将有些焊点打开,才能继续进行。

IMG_20150828_125000

这一部分算是镜头的主要排线,被去掉了。
IMG_20150828_170927

最后得到一个裸镜头组。

IMG_20150829_084749

 

分开镜头

IMG_20150829_085113

 

取下第三级的合页。
IMG_20150829_124027

 

揭开贴纸,漏出环形卡子。
IMG_20150829_124036

 

拧开盖板,漏出小马达的齿轮。
IMG_20150828_153353

 

IMG_20150828_153605

 

将镜头轨道中的针状金属柱用镊子拔出来,剩下的就比较简单了。就可以完全把镜头拆开了。

 

 

整合 OSS 开放存储到 WordPress 系统

使用 OSS 存储 WordPress 相当于将 云服务器 的存储免费扩大了。

安装cloudfs

-在云市场搜索cloudfs,获取下载链接。
-将下载的安装包上传至云服务器。
-安装依赖包。
-以默认设置安装。

[cc lang=”bash”]
# Install dependence
apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev pkg-config libxml2 libxml2-dev libfuse-dev libunwind8-dev
[/cc]

配置cloudfs

[cc lang=”bash”]
vi /usr/local/cloudfs/conf/cloudfs.conf
[/cc]

需要配置的项目有: HOST 、ID 、KEY 、BUCKET 等 4 项必须;若干可选项。

测试

[cc lang=”bash”]
# Start cloudfs
service cloudfs start
service cloudfs status
# 目录和文件测试,在 OSS 控制台会看到相应变化
mkdir /mnt/oss/test
touch /mnt/oss/test/test.txt
[/cc]

迁移和设置媒体库

[cc lang=”bash”]
# 设置 WordPress 媒体库位置
cd /mnt/oss
mkdir wp_uploads
# 将原有媒体库内容迁移过来
cp -R /var/www/html/wp-content/uploads/* wp_uploads/
# 备份原有媒体库,同时腾出挂载点
mv /var/www/html/wp-content/uploads/ /var/www/html/wp-content/uploads_bak
# 挂载 OSS cloudfs 到 WordPress 媒体库
ln -s /mnt/oss/wp_uploads/ /var/www/html/wp-content/uploads
[/cc]

wp-cloudfs

在 WordPress 媒体库上传一个新内容,检查是否可用。

参考资料:
www.513624.com/archives/829.html
bbs.aliyun.com/read/236273.html

如何连接阿里云数据库RDS

mysql客户端方式

用户安装MySQL客户端后,可进入命令行方式链接数据库。
命令格式:mysql -u user_name -h example.mysql.rds.aliyuncs.com -P3306 -pxxxx
其中,-u 指定的是用户名, -h指定的是主机名, -P指定的是端口, -p指定的是密码。

WordPress使用RDS

添加服务器IP到白名单
修改wp-config.php
参见WordPress迁移

将 WordPress 迁移到 阿里云

最近将国外的主机迁移到了阿里云(参见:Site Changelog)。没办法,GFW太厉害了。留在外面只能做僵尸网站。

本文简要介绍了将WordPress迁移到云服务器ECS、云数据库RDS,域名绑定到云解析的方法。

如果要购买 ECS 云服务器,使用我的邀请码(U6FOVY,有效期截止 2015-11-30)可以得到 九折 优惠。

新服务器

安装LAMP:Ubuntu快速安装 LAMP
安装phpmyadmin:
[cc lang=”bash”]
sudo apt-get install phpmyadmin
ln -s /usr/share/phpmyadmin/ /var/www/html/phpmyadmin
[/cc]

旧服务器

WordPress整站打包下载。
使用一个插件生成数据库备份wp-DB-backup:wp_backup.sql.gz

迁移

上传整站到/var/www/html,只需要修改wp-config.php更新数据库信息。
打开http://newsite.com/phpmyadmin,创建一个数据库,将wp_backup.sql.gz 导入(import)。
进入options工作表,更新home和siteurl的值。
[cc lang=”mysql”]
mysql> use wordpress;
mysql> source wp.sql;
mysql> update wp1_options set option_value = “http://bio-spring.info/” where option_name = “siteurl”;
mysql> update wp1_options set option_value = “http://bio-spring.info/” where option_name = “home”;
[/cc]

使用云数据库 RDS

在RDS控制面板创建database,然后登录到RDS,同上设置。
[cc lang=”bash”]
bash$ mysql -uuser -ppasswd -husername.mysql.rds.aliyuncs.com # 登录到RDS
[/cc]

绑定域名到阿里云解析

进入域名注册上后台,修改NameServer为万网NS。
godaddy_dns

在阿里云解析“添加解析”,等待生效即可。

aliyun_dns
搞定了。