处理设计引物时候的PRIMER_ERROR=Missing SEQUENCE tag错误

Update:You May directly use our Massive RT-PCR Primer Designer from Jan 16, 2016.

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我先前曾经写过一个设计RT-PCR引物的脚本,当初运行良好,所以把它给分享了出来(在这里)。最近又用发现会有错误,“Missing SEQUENCE tag”,经过分析,最终解决了这个问题。

方法如下:

[cc lang=’bash’]sudo gedit /usr/local/share/perl/5.10.1/Bio/PrimerDesigner/primer3.pm[/cc]
将其中的SEQUENCE换成SEQUENCE_TEMPLATE即可。总共要换三四个位置。

造成这一错误的原因在于Primer3和Bio::PrimerDesigner的API不兼容。 前者使用“SEQUENCE_TEMPLATE”作为引物的模板,而后者确传递给primer3引物设计程序一个“SEQUENCE”参数,从而造成引物设计上的失败。

4 Responses to “处理设计引物时候的PRIMER_ERROR=Missing SEQUENCE tag错误”

  1. […] The Massive RT-PCR Primer Designer is based on Primer3 and BioPerl toolbox, and was derived from the standalone codes which have been discussed by two previous blog posts (Post 1 and Post 2). […]

  2. […] Missing SEQUENCE tag错误的处理 以下为原文。 […]

  3. cui_ya说道:

    没有这个文件:Bio/PrimerDesigner/primer3????

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