在MATLAB中创建带有误差线(误差标记)的柱状图

在MATLAB中,使用一个函数errorbar来定义图形中的误差线。可以用于折线图,柱状图等各种图形。实例如下:

[cc lang=”matlab”]
% 生成示例数据
x=1:10;
y=cumsum(randn(1,10));
lower = y – (rand(1,10));
upper = y + (rand(1,10));

% 由于errorbar函数使用相对差值在图形上绘图,所以
% 需要将绝对差值转变为相对差值。
L = y – lower;
U = upper -y;

% 绘图时需要设定 hold on
% 柱状图
clf;
figure(1);
hold on;
bar(x,y);
% 此处需要隐藏折线
errorbar(x,y,L,U,’Marker’,’none’,’LineStyle’,’none’);

% 折线图
figure(2);
hold(‘on’);
plot( x, y);
errorbar( x, y, L, U);
[/cc]

效果如下图所示:

refer:http://stackoverflow.com/questions/3748310/how-to-define-error-bar-in-matlab

抗结核新药研发进程

在2011年1月的Nature上,总结了抗结核新药的研发进程。已经有个别药物进入III期临床试验,相信快要面世啦。

Koul, A., Arnoult, E., Lounis, N., Guillemont, J. & Andries, K. The challenge of new drug discovery for tuberculosis. Nature 469, 483-490 (2011).

beta半乳糖苷酶活性测定

试验原理

如图所示,糖苷酶水解底物无色ONPG,生成黄色产物,通过测量吸光值,可以得出糖苷酶的活性。

所用试剂

Z buffer, per 50 mL:

    * O.80g Na2HPO4.7H2O (0.06M)
    * 0.28g NaH2PO4.H2O (0.04M)
    * 0.5 mL 1M KCl (0.01M)
    * 0.05 mL 1M MgSO4 (0.001M)
    * 0.135 mL b -mercaptoethanol (BME) (0.05M)
    * bring to approximately 40 mL with H2O, dissolve all the salts
    * adjust the pH to 7.0
    * use a graduated cylinder to bring the buffer to 50 mL
    * donot autoclave, store at 4 C.

ONPG
ONPG should be dissolved fresh each day. 可以溶于PBS,Z buffer或者水中。

PBS

Stop solution
1M Na2CO3

操作步骤

准备样品
将菌培养至稳定期(OD600约为2)
按照1:50的比例转接到新鲜培养基中(并按时间梯度依次取样)
样品离心后,用PBS冲洗,然后保存在-80摄氏度待用

测量酶活
将细胞用Z buffer重悬
然后超声破碎裂解细胞或者加入氯仿和SDS裂解
将生色底物 2-硝基苯-beta-D-半乳糖苷加入反应液中
在28摄氏度下孵育1小时
加入终止液(1M Na2CO3)终止反应
取溶液上清,测量420nM和550nM下的吸光度

计算过程
则糖苷酶活性(Miller单位)=(1000 X A420) / (time [min] X 样品体积 [ml] X A600)。
另外一种计算公式(使用550nM吸光值作为修正)
Miller Units =
1000 x [(OD420 – 1.75 x OD550)] / (T x V x
OD600)

  • OD420 and OD550 are
    read from the reaction mixture.
  • OD600 reflects cell density in
    the washed cell suspension.
  • T = time of the reaction in
    minutes.
  • V = volume of culture used in the assay in
    mLs.


The units give the change in A420/min/mL of
cells/OD600

Beta-Galactosidase Activity Assay. at <rothlab.ucdavis.edu/protocols/beta-galactosidase-3.html

饶毅: 再生型梯队与研究生培养

www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=402656

  
 
对于研究生培养,我提倡的模式是:再生型。
 
其相反的模式是:退变型。
 
对于研究生导师来说,如何管理好自己的团队,是很重要的问题。建实验室,是要一个退变性的实验室还是要再生型的实验室?是递减型的梯队还是倍增型的梯队?
 
这里主要针对实验学科的研究生导师,比如生命科学、化学、实验物理等。这些学科基本都是一个导师带着一个小型研究梯队(实验室、课题组),学生是研究梯队的骨干力量。
 
传统中国文化造成一个不良习俗,年纪大的喜欢管年纪小的,职位高的喜欢管职位小的,掌握决定权和资源者喜欢管不掌权者。再加上目前一些社会风气的影响,大学里很多导师很喜欢做管别人的老板。
 
我很反对老板模式。当导师把自己放在管别人的位置上且希望别人都听话时,整个梯队容易出现退变、递减。
 
退变性的模式原因可能多样,包括导师的知识结构、能力、眼光、习惯等。这样的导师和领导者在选人和支持人的时候,常喜欢“听话”的人。中国有些地方招聘的
时候,看重应聘者是否听话、不喜欢有主见的人。以这样的文化、靠这种眼光选出来的人,将来也常变成学生不如导师、教授不如院长/所长。对于自然科学研究的
梯队,退变性的梯队不是最好的运行模式。当学生都不如老师的时候,梯队难以越做越好?
 
我最早对这个事情起反感,是在美国的时候,一个华人告诉我,一定要管学生、让他做你要他做的事情。对于这句话,我很不以为然。研究自然科学的教授,希望学
生在这个梯队里的作用完全是和教授互动,推动实验室不断更新、不断向前。我希望研究生要在两三年内,能表现出比我强的部分。如果他一来的时候就比我好,我
当然更高兴。如果他一开始不显得一定比老师好,但有这个潜力,我也很高兴,而且支持他在两三年之内,某个或者多个方面超过我。
 
自然科学所探讨的问题和解决的办法,当然包括老师想到的问题和办法。但最有趣、最重要的,是我们没有想到的,还有一小部分是我们想到但无法解决的。如果一个学生加入实验室,都是做老师想到的东西,或者是技术上都是老师会的东西,我会觉得很无趣,课题组进展也会很慢。
 
每个领域都会形成一定的固定思维,还有由于能力有限、时间有限,老师了解的东西就有局限。我敢说这句话是因为我实际上认为我了解的东西很多,特别是在生命科学相当多的领域,我的知识面不能算窄,而且不是很浅。但是,我常常明显感觉到自己不够。
 
我觉得自己不够,就希望学生比我厉害。一个课题组在招学生的时候,应该看他是否思维活跃,是否在某个地方有特长。
 
对于再生型梯队来说,学生前期是老师支持多,后来明显是学生对梯队积极影响多。在希望建成再生型而不是退变性梯队这一总体思维下,招学生带学生,方式就和退变性的不一样。
 
我自己的学生中,每过一两年会发现有学生比我聪明很多。我就会很高兴有优秀的学生,高兴到他们骂我的时候我不吭气。这样挑选和支持的学生有些不同于其他实验室。
 
对于申请进我的实验室,我先用email跟他谈,问他为什么感兴趣,要把科学讲清楚。一般的学生不能经受三次这样的来回,因为当第三回合讨论到具体问题时,很多学生没有去搞懂科学,只是一般性谈天。
 
中国和有些亚洲国家文化中培养一些确实学生,不要自由,喜欢琢磨老师。对于不相信他有自由、专门希望听话的学生,在我实验室待着很无效率。有过一个韩国人
揣摩我的心思,到最后还是揣摩不到,因为我没有什么特别心思,我的心思就是希望他有思想、有能力。这个人做实验的时候,把不符合预期的结果都丢掉,我发现
了,他的结果全部不用,重新让人做。他也从来没有和我联合发表过论文。另外有个韩国人就很好,靠自己扎实的工作。
 
我发现中国有一批学生很厉害,这些学生不一定是原来考分很高的学生,考分高的学生有厉害的,也有不厉害的。2003年我在北京招了两个学生,他们都是考分
在中间的学生。刚来时他们和其他学生一样说一些虚无缥缈的东西,我就问他们到底对哪些方面感兴趣,要提出可以做的实验。这两个学生后来发展相当好。当时我
实验室还没有完全运行,我把一个学生放在科学院一个人的实验室。那个老师很聪明而且很会做,所以他对很多学生要求很高。他对我这个学生意见很大,告诉我负
面意见。等我实验室开始运行的时候,这个学生回来了,我自己观察,发现事实上这学生很行。
 
我回到中国的时候我的研究方向改变了,我以前做神经发育的分子生物学、细胞生物学,来北京后我决定换一个课题,因为原来课题做了十年,我想试试看能不能做
新的课题,从可以观察到的行为,看其神经机制、分子机理。很多题目、有些方向,是学生提出的,我参与讨论和判断。如果老师只要听话的学生,实验室就少了新
的研究方向。再生型实验室有利于学生成长,也促进实验室长远发展。
 
除了使全面型的学生发挥才能外,也要让有偏才的学生有发挥的空间。我实验室有一个技术员,他多才多艺,体育、音乐都很好。他跟他太太是同学,太太博士毕业
了,他还是技术员。他太太去美国做博士后,他跟着去,一般的老师都不要他,觉得他是个纨绔子弟。他在我实验室一开始做简单的分子生物学,提取DNA。他做
得极差,做了几个月,人家都不要他做了。我说换一件事,有一个直观的实验,是做神经的发育。我请他试试。他很快就上手,第一个结果其实很模糊,但他兴高采
烈。我支持他继续做下去,没过多久就出成果了。后来他在《Nature》以第一作者发表了论文。
 
年轻老师可以注意,不要觉得某个学生一个方面不行,其他都不行。生命科学至少分四类:DNA和生化,电生理和成像,遗传,生物信息。做这些需要不同的能
力。有些人这几类都行,多数人只是某些方面比较强。所以当学生在某方面不行时,你给他换一个课题,说不定会发现和用到他的特长。
 
对年轻的老师还有一个重要的事情。应该鼓励学生做你不会做的东西。一个做实验科学的人,新开实验室的时候常将自己的研究限定在自己会做的实验,等学生来了
你只要带他们做,这很自然。但这个自然的想法并不全面。学生做课题或提出课题的时候,你应当支持他们,包括支持他们到外面学,支持他们买仪器。学生实际上
给实验室带来的是新的思想,新的技术,使你的实验室成长。因为整个领域都在发展,一个实验室要进步、要真正发展的话,一定会有新的东西是你不会做、还有你
不知道的,要支持这些带来新东西的学生。否则,限制学生的结果,减慢实验室发展。
 
对于学校、学院的研究生工作,有几个政策,可能要跟我们一起推广一下。首先是应该提倡轮转制度,招生不按导师招,学生进来后在课题组轮转,轮转后再定导
师。这听上去是一个很简单的事情,但推行起来不容易,多数单位导师不愿意,习惯于以前小作坊带徒弟的方式。因为按导师招,导师就没有竞争的压力,导师对学
生的权力很大,有时权利过大,有些单位连研究生结婚都要导师签字同意。其实谁赋予老师管学生结婚的事权力啊?学生进了实验室以后导师辅导他的学术,导师应
该是不具有答辩委员会的投票权,要求回避投票表决。导师和研究生会存在潜在的冲突。如果学生认为学业完成了但导师不让他毕业,怎么办?应该有独立于导师的
委员会来裁决。目前中国体系内,研究生导师的利益常有人保护,但也要保护学生。
 
我的观点是对学生好,就是对老师好。用再生型模式的话,老师要支持、鼓励学生,发掘学生的才能和特长,提供智力环境、给学生创造条件,使他得到发展,能力得到发挥。
 
我认为中国大学的教学需要很大改革。其它学科我不知道,但在生命科学,凡是我看过的研究生教学,除了少数课程在少数地方是好的以外,大多数都是不好、甚至
极其糟糕。我认为解决的方法之一,就是要有轮转。导师没有必然的学生时,就可能有压力要教好研究生课,这是导师吸引学生的途径之一。如果一开始就知道这个
学生是跟某个导师的,导师教他一个就是了,而不愿意教别的学生。这跟“我为人人,人人为我”是
相反的,中国的导师现在对于教课、教育研究生出现了一个怪现象:“我不希望为人人,所以人人也不为我”。你不愿教其他老师的学生,所以也就其他导师不教你
的学生。
 
部分导师比较重视研究,对开研究生课程则不大在意,以为教课是浪费时间,逆“磨刀不误砍柴工”常识而行。今天的听众是年轻导师。我鼓励大家开课,开好的研
究生课。有些年轻老师以为要年资高的人来做,说他们有号召力,有影响。其实年轻的时候去做这些事是很好的,很可能比年资高的人还好。有些人可能知道科学院
有个课是我和科学院的老师十年前开的,最近得了科学院教学的最高奖。但是建立这门课的时候,我还是副教授。我积极做教学最开始其实是在美国华盛顿做助理教
授时,当时学校并没要求我教学。我与另外两个美国人当时年轻气盛,都觉得自己懂得最新的东西,而学校其他课不够好,我们就一起开课。我们教的是选修课,当
年却成了全校上课人最多的研究生课。2000年在科学院开课,当时科学院没人愿意教课,我们教了以后,反馈很好,没参加教课的老师也都知道这门课,因为
批学生后来在实验室的表现也很不一样
。他们在实验室讨论科学。如果每年有200个学生来听课,只要有20个学生能显出不一样来,就算成功了。对于这门课本
身,到现在已10年了,我觉得应该可以被革命掉了,应该有更好的课替代它。10年不被革命,不是这门课好,而是后来的年轻导师,没有起来花力气,推翻这门
十年前可以说好的、而现在不够好的课。
 
要鼓励学生参加学术活动。因为中国的研究人员的研究生涯特别短。以前那种在国内做科研工作,后来做上院士的模式对现在的青年导师极不合适。因为当时国内环
境很差,要花五年、十年建实验室,得到支持也难,所以他们有一大部分的时候不是花在科研上,等到稍有一些成就,就可以做院士,还有很多时候去做行政,所在
整个研究的时间可能只相当于外国的几年。迄今为止,很多国内的研究人员可能不到国外十年有效的研究期,这样的话能够达到的高度和深度就都很有限。顶戴花翎
来了以后,又被要求去做很多其他事情,整个学术气氛没有起来。
 
没有学术气氛的一个简单的表现是,我观察到国内绝大多数的教授、研究员常规性不听学术报告。我希望大家在推动学术活动上多用心。国内的学术会议学生是可以
去的,但有时国内的会议是不体面的会议,是政治会议,不是学术会议。这时候需要老师保护学生,当你有经费的时候(现在有经费的导师很多),应该把学生送出
国去参加学术会议。我在国内实验室里的学生和技术员都有多次出国参加会议的机会,不仅他们自己得益,也给实验室带来各种信息。
 
老师们做的工作,教学,科研,对学生的支持,都反过来会支持老师的发展。
 
 
 
(2009年5月25日,复旦大学中青年导师培训会)

如何检查BioPerl是否正确安装

为了检查BioPerl是否安装正确,我们可以使用perldoc命令来看一下。

如果你是Linux系统,随意打开一个终端;如果用的是Windows系统,那么打开命令提示符。输入以下命令:


perldoc Bio::SeqIO

以上命令的作用是查看Bio::SeqIO模块的文档是否存在,如果存在,则会有相应的文档输出,则你安装Bio::SeqIO模块;如果没有,说明Perl找不到该模块,你还没有安装Bio::SeqIO模块。

引物Bio::SeqIO是BioPerl的基础模块,所以,你懂的,其它的一些模块也可以的,比如Bio::Seq  Bio::SearchIO等等。

此外,对于Perl的其它模块是否正确安装,也可以用perldoc命令检查一下。比如Bio::Graphics模块,并不保护在BioPerl的“安装包”内,所以对于要使用Gbrowser的同学来讲,需要手动安装该模块。

 

新年到了,祝看到这篇文章的同学新年快乐。

Happy new year!